Ильм повреждается многими вредителями и болезнями, но не все они существенно влияют на жизнедеятельность дерева и санитарное состояние насаждений.
Из массовых вредителей, повреждающих листья, следует назвать ложнощитовку, листовертку разнорядную, пяденицу осеннюю восточную и шелкопряд непарный и южный. В 1979-1980 гг. в результате массового размножения листовертки разноядной и непарного шелкопряда пострадали молодняки ильма японского в ряде лесхозов и заповедников Приморского и Хабаровского краев.
Ильмовый долгоносик повреждает одно-двухлетние побеги и семена, причем их грунтовая всхожесть сохраняется только на 10-15 %. Лубоед Холодковского обычно заселяет крупные деревья ильма, а малый лубоед и многоядный непарный короед предпочитают тонкомерные деревья и подрост. Иногда погибает до 20-40% молодых экземпляров ильма в результате повреждения стволов и почек этими видами короедов. Реликтовый дровосек-гигант, включенный во второе издание Красной книги СССР, встречается на юге Приморского края. Его личинки обитают в древесине крупномерных перестойных и сухостойных деревьев ильма. Подобные деревья ильма, служащие местом выплода этих редких, оригинальных жуков, достигающих почти 20-сантиметровой длины целесообразно сохранять, а не вырубать, особенно в заповедниках и заказниках.
Из грибных заболеваний наиболее опасна голландская болезнь, вызываемая грибом. В результате закупорки сосудов происходит массовая гибель ильмовых насаждений в странах зарубежной Европы, Северной Америки и в европейской части СССР. Из дереворазрушающих грибов массовыми вредителями является небольшое количество видов. Трутовик настоящий развивается на перестойных отмирающих деревьях ильма. Поражение происходит через поврежденные участки ствола или ветвей (огневые ранения, ошмыги).
В первую очередь поражается здоровая древесина; светло-бурая гниль имеет внутренний характер, преимущественно развиваясь в нижней части ствола. Больные деревья могут жить довольно долго, но страдают от бурелома. Трутовник чешуйчатый поражает деревья через морозобойные трещины и через поврежденные толстые ветви. Светло-желтая гниль развивается в нижней и средней частях дерева и относится к типу коррозийно-деструктивной. Этот гриб продолжает развиваться и на влажных стволах, пнях, а также повреждает лесоматериалы, хранящиеся во влажных условиях. Чешуйчатка промежуточная преимущественно заражает деревья через обломы сучьев и морозобойные трещины. Развивается внутренняя стволовая гниль бурого цвета и в нижней части дерева может возникнуть даже дупло. Феллинус точечный обычно заражает живые деревья ильма через морозобойные трещины, а также через раны, возникающие при обломе ветвей. Светлобурая или коричневато-бурая гниль имеет смешанный характер. Гниение начинается с периферийной части, но вскоре поражает и ядровую древесину. Обычно гниль развивается в средней и верхней частях ствола, что за короткий период может привести к отмиранию кроны и гибели дерева.
Таким образом, наиболее опасным массовым заболеванием ильма является голландская болезнь. Но, как показало обследование погибших от этой болезни ильмовых насаждений, часть деревьев ильма оказалась устойчивой к поражению и не усохла. В настоящее время на Среднерусской возвышенности, в Карпатах, Крыму и на Кавказе наблюдается восстановление ильмовников. Не восприимчив к голландской болезни ильм низкий, являющийся одной из основных пород в защитном лесоразведении не только в СССР, но и за рубежом.