В фауне садового агроценоза насчитывается более 400 видов фитофагов, питающихся различными частями плодовых деревьев, однако к числу вредителей, повреждения которых могут превышать достоверно установленный экономический уровень вредоносности, относится примерно 150 видов.
Основные вредители плодовых деревьев — насекомые и клещи. Питомникам и молодым садам могут локально причинять вред мышевидные грызуны и зайцы. Борьбу с мышевидными грызунами в садах проводят с помощью отравленных или бактериологических приманок, как и на других культурах. Для зашиты от зайцев питомники огораживают проволочной сеткой, а в садах штамбы молодых деревьев обмазывают репеллентами или обматывают слоем оберточной бумаги.