Второй период в истории фитопатологии продолжается от середины до конца XIX столетия. Этот непродолжительный по времени период замечателен рядом открытий, с которыми связано начало научной фитопатологии.
На формирование фитопатологии значительное влияние оказали развитие учения о клетке, распространение дарвиновского учения, систематическое применение микроскопа и введение метода чистых культур изучаемых возбудителей болезней. В результате накопления большого материала «стало возможным — и в то же время необходимым — применение сравнительного метода».
Изменения в содержании фитопатологии проходили в значительной степени и под влиянием запросов земледелия, под влиянием усиленной интенсификации сельского хозяйства, предъявляющего новые требования к науке.
Если раньше при экстенсивном хозяйстве на болезни растений можно было смотреть лишь умозрительно, то интенсификация сельского хозяйства требовала конкретного знания болезней и их причин, чтобы этим обосновать мероприятия по борьбе с ними.
Решающее значение в становлении научной фитопатологии имеют открытия, сделанные выдающимся немецким микологом и фитопатологом А. Де-Бари и работавшим вместе с ним в многолетнем творческом содружестве русским микологом и фитопатологом М. С. Ворониным, а также их многочисленными учениками и последователями.
Антон Де-Бари (1831—1888) по первоначальному образованию был доктором медицины Берлинского университета, но уже во время студенчества сосредоточился на ботанике и особенно микологии и фитопатологии. Был последовательно профессором ботаники в университетах в Оренбурге с 1855 г., в Галлее 1867г., в Страсбургес 1872 г. Его многочисленные работы имеют большое значение в развитии микологии и фитопатологии. Вот некоторые из них.
Работа, выполненная еще студентом и опубликованная отдельной книгой в 1853 г., посвящена истории развития головневых, ржавчинных и нероноспоровых грибов, в которой он установил происхождение головневых спор из мицелия. Это было первым доказательством грибной природы головни и того нового положения, что паразитические грибы являются не следствием, а причиной инфекционных болезней. Эго сформулировано им так: паразитические грибы не следствие, а причина болезней растений.
Очень большое значение для фитопатологии имеет исследование А. Де-Бари болезни картофеля, результаты которого опубликованы в 1861 г. Эга работа была проделана под влиянием запросов производства, которое несло большие потери урожая от болезни, сравнительно незадолго до того появившейся в Европе. Де-Бари установил возбудителя болезни, дал ему наименование Phytophthora infestans DB., изучил его строение и историю развития. Это был первый случай непосредственного установления инфекции растений паразитическим грибом. В этой работе Де-Бари дал по существу первое научное фитопатологическое исследование, применив метод искусственного заражения растений. Его исследования легли в основу наших современных знаний об этой важнейшей болезни картофеля и имели большое значение для дальнейшего развития микологии и фитопатологии.
Исследуя ржавчинные грибы, Де-Бари на примере возбудителя ржавчины фасоли (Urortvjces appendiculatus Lev.) установил (1863) наличие пяти закономерно сменяющих друг друга различных спороношений у ржавчинников: спермогонии со спермациями, эцидии с эцидиоспорами, уредо — и телейтоспоры, базидии с базидиоспорами. В этом случае прослежен цикл развития однохозяйного ржавчинного гриба. Несколько позднее (1865) он установил у Puccinia gramitiis Pers. явление разнохозяйности, т. е. последовательное паразитирование одного и того же гриба в различных стадиях развития на двух далеких в систематическом отношении видах растений-хозяев. Возбудитель стеблевой ржавчины злаков спермогонии и эцидии развивает на барбарисе, уредо — и телейтоспоры на стеблях злаков.
Воронин Михаил Степанович (1838—1903) окончил Петербургский университет, где заинтересовался ботаникой, в частности низшими растениями. Много бывал за границей, где работал долго у Де-Бари, с которым связывала их совместная работа и многолетняя дружба. В 1898 г. был избран академиком в Российскую Академию наук, где заведовал отделом споровых растений.
М. С. Воронин изучал историю развития грибов и других низших растений, различные болезни растений, а также клубеньковые бактерии. Им опубликовано свыше 100 научных работ, отличающихся большой глубиной мысли и законченностью. Из них многие имеют важное значение для фитопатологии.
М. С. Воронин первый открыл представителя группы экзобазидиальных грибов Exobasidium vaccini Woron., не имеющего плодового тела (1867), разнохозяйность у сумчатых грибов Sclerotinia heteroiса Woron. (1888).
Важное практическое значение имеют исследования М. С. Воронина по многим грибным болезням растений. Он первый (1874—1880) выяснил и проследил цикл развития возбудителя опасной болезни корней капусты «капустной килы» (Plastnodiophora brassicae Woron.) Его исследования и до сих пор лежат в основе наших знаний об этой важной болезни и се возбудителе. В работах о ржавчине подсолнечника (1869—1875) М. С. Воронин тщательно проследил весь цикл развития се возбудителя, оказавшегося, по его наблюдениям и опытам с заражением, однохозяйным ржавчинником. На основе изучения биологии паразита он рекомендовал практические мероприятия по борьбе с этим опасным заболеванием.
Работы Воронина по капустной киле, ржавчине подсолнечника, а также по плодовой гнили яблок, «пьяному хлебу» имеют важное практическое значение и являются первой попыткой подобного рода работ в России. Поэтому М. С. Воронин может считаться у нас одним из первых (по времени) фитопатологов. А. А. Ячевский считал его основателем русской фитопатологии.
Большую роль в развитии фитопатологии и микологии сыграли также французские микологи братья Л. Тюлан (1815—1885) и Ч. Тюлан, которые изучали историю развития и строение грибов и установили понятие о плеоморфизме (свойства организма развивать в онтогенезе несколько различных спороношений). Они установили связь между конидиальным (Oidium) и сумчатым (Erysiphe) спороношениями у некоторых мучнисторосяных грибов (Erysiphe graminis DC.).
У спорыньи установлено три следующих друг за другом состояния: копидпальпая стадия (Sphacelia), склероции (Sclerotium) и сумчатая стадия, которая считалась самостоятельным организмом. Л. Тюлан объединил эти состояния и дал общее название этому возбудителю Claviceps purpurea Tul.
Наиболее существенные общие черты рассматриваемого периода развития фитопатологии следующие:
1. Дальнейшая разработка учения о паразитических грибах и обнаружение у них плеоморфизма и смены спороношений.
2. Введение исторического метода изучения грибов (онтогенеза) в сочетании с экспериментальными методами — чистых культур и искусственного заражения.
3. Обоснование новой концепции о причинах болезней растений, согласно которой паразитические грибы являются не следствием, а причиной инфекционных болезней растений.
4. Ведущая роль в исследованиях по этим вопросам принадлежит основоположникам научной фитопатологии А. Де-Бари, братьям Тюлан и М. С. Воронину, а также их ученикам и последователям: О. Брефельду (1839—1925), Ф. М. Каменскому (1851—1912), Л. С. Цеиковскому (1822—1887) и др.
С этого времени устанавливается подлинно научная связь фитопатологии с микологией, но уже на иных принципах. При изучении больных растений центр тяжести переносится на паразитический гриб, его строение, биологические особенности и цикл развития, а само больное растение отодвигалось на дальний план. Это паразитарное, или микологическое, направление, несмотря на односторонность в изучении болезней растений, сыграло крупную положительную роль в развитии фитопатологических знаний.