Процесс введения молекулы ДНК в клетку называется трансформацией.
Для ее осуществления используют специальным образом подготовленные клетки — компетентные клетки, т. е. клетки, способные поглощать чужеродную ДНК из окружающей среды. Существует множество разных способов приготовления компетентных клеток, например, можно подвергнуть клетки высокотемпературному воздействию и обработать их хлоридом кальция (СаСl2) или же пропустить через суспензию клеток импульс электрического тока высокого напряжения (электропорация). В любом случае выбор метода трансформации зависит от природы клеток и размера рекомбинантной молекулы.
После трансформации необходимо идентифицировать клетки, содержащие рекомбинантную ДНК. Поиск клонов, содержащих нужную рекомбинантную плазмиду, называется скринингом. В самом простом случае для этого используют гены антибиотикоустойчивости, содержащиеся в плазмидах, и селективные среды с различными антибиотиками. В случае вектора pBR322, если вставку осуществляют в ген устойчивости к тетрациклину, то искомые клоны будут расти на чашках с ампициллином, так как этот ген интактен, и не вырастут на чашках с тетрациклином, поскольку ген содержит вставку.
Главной целью генно-инженерных манипуляций является получение белкового продукта. Поэтому после проведения скрининга и отбора клонов приступают к завершающей стадии — экспрессии рекомбинантной молекулы.