Взаимодействие ауксина с цитокинином играет решающую роль в ситуациях, когда растению требуется сбалансировать рост корневой системы и надземной части.
Рассмотрим в качестве примера молодое растеньице ивы. Если надземную часть отрезать и поставить в воду, она “достроит” корни. А у оставшегося в земле корня из прикорневых почек отрастает новый побег.
Как растение узнает, что именно у него должно расти? Отрезав корень, мы лишили стебель источника цитокининов. Значит, нужно завести новую "фабрику" этого гормона — новый корень. Все процессы в черенке переключаются на строительство нового корня. Точно так же корень, лишенный надземной части, достроит себе новый стебель — источник ауксинов.
Другой пример — формирование органов из каллуса. Каллус в пробирке остается бесформенной массой клеток только при определенных пропорциях между компонентами питательной среды. Наиболее важно соотношение ауксина и цитокинина. Если концентрацию ауксина снизить, то в скором времени из клеточной массы вырастет побег, если увеличить — корень.
Однако функции ауксинов и цитокининов этим не ограничиваются. Например, ауксин регулирует активность клеток “внутренней" меристемы (камбия). Растущая верхушка требует притока питательных веществ, сама она их не синтезирует. “Запрос" (ауксин) посылается вниз по стеблю. Определенные концентрации этого гормона заставляют камбий активно формировать новые сосуды, по которым в верхушку побега потекут питательные вещества.