Микобионт. Грибы, входящие в состав лишайников, называются лихенизированными грибами.
Тело лишайника (слоевище) состоит в основном из переплетающихся септированных гиф грибов с апикальным ростом, у которых есть приспособления для существования в воздушной среде.
Для защиты от неблагоприятных условий окружающей среды гифы имеют двухслойную оболочку. В местах образования поперечных перегородок гифы расширены, в результате чего образуется больше перфораций, через которые осуществляется связь с соседними клетками.
Оболочка гиф содержит пектиновые вещества, поэтому она может разбухать и ослизняться.
В нижней части слоевища, в месте прикрепления к субстрату, могут быть жировые клетки или жировые гифы.
Гифы различаются функционально. Так, у грибов есть ищущие, или охватывающие, гифы, которые находят и охватывают клетки водорослей. Двигающие гифы способствуют переносу клеток водорослей в растущий край слоевища.
Особенностью строения клетки является наличие небольшого числа мелких хромосом. Микобионт может проявлять избирательную способность в отношении фотобионта.
Размножение. Грибы способны размножаться вегетативно в результате фрагментации мицелия. Наличие бесполого размножения является дискуссионным вопросом. У грибов образуются пикнидии шаровидной или грушевидной формы, с развивающимися в них конидиями (анаморфная стадия).
Форма и размеры конидий являются диагностическим признаком в определении видов и родов некоторых лишайников. Одни исследователи считают их элементами бесполого размножения, другие же отводят им роль спермациев, участвующих в половом размножении.
Половое размножение происходит с образованием плодовых тел. Анаморфные грибы плодовых тел не образуют. Если в состав лишайника входят грибы, относящиеся к отделу Basidiomycota, то развиваются соответствующие плодовые тела. Базидиальные лишайники обитают чаще всего в тропиках, но встречаются и в умеренных широтах. Плодовые тела могут быть многолетними: их развитие и созревание длится 4…10 лет. Грибы из отдела Ascomycota образуют апотеции, перитеции, псевдотеции.
Перитеции имеют выводное отверстие. С поверхности лишайника они выглядят как темные точки. В перитециях образуются сумки со спорами. Между сумками развиваются гифы — парафизы. Около выводного отверстия формируются перифизы — гифы, выполняющие функцию защиты и способствующие выбрасыванию аскоспор.
Апотеции обнаружены у большинства видов лишайников. Чаще всего они имеют типичную блюдцевидную форму, но иногда бывают линейно вытянуты.