Из органических веществ в состав можжевеловых ягод входят сахара, крахмал, органические кислоты, ароматические, дубильные, белковые, минеральные и пектиновые вещества, клетчатка, смолы, воск и многие другие вещества.
Сахара в можжевеловой ягоде представлены фруктозой, глюкозой и сахарозой. Ягоды кавказского можжевельника содержат до 36% сахаров.
Из указанных веществ в можжевельнике особо важное значение имеют сахара, ароматические вещества и некоторые другие недостаточно исследованные соединения, которые являются также действующими началами при использовании ягод в лечебных целях.
Из органических кислот в состав ягод можжевельника входят яблочная, уксусная и муравьиная. Эфирных масел в сушеных плодах содержится от 0,46 до 1,72% и сахаров до 49,5%. Эфирное масло состоит из а-пинена (C10H16), кадинена (С15Н24) и можжевеловой камфоры (C10H16O6). Эфирное масло, полученное из можжевельника казачьего, содержит ядовитый алкоголь, сабиноль, глюкозид пинипикрин и другие вещества. Плоды можжевельника казачьего нельзя использовать для пищевых целей, так как они содержат ядовитые вещества; другие части растений также ядовиты.
В состав эфирного масла из ягод крымского можжевельника входит а-пинен, камфен, борнеол и его эфиры с уксусной и валерьяновой кислотами. Из специфических горьких веществ ягоды можжевельника содержат юниперин (аморфное вещество желтого цвета).
Вследствие высокой ароматичности и повышенной сахаристости плодам можжевельника свойствен характерный сладковато-пряный вкус. Незрелые плоды богаты крахмалом. Ягоды содержат 0,24% сахаров, пектиновых веществ 1,64%, протеина 3,47%, сырой клетчатки 2,94%, золы 2,15%, воды 35%.
Высокое содержание сахара и других органических веществ в зрелых ягодах можжевельника обусловливает возможность разностороннего использования их для технической переработки. Однако можжевеловые ягоды до последнего времени находили крайне ограниченное применение при производстве пищевых и вкусовых продуктов. Ягоды можжевельника находили использование среди местного населения Кавказа для производства водки, пива-браги.
Промышленное значение ягод сводилось главным образом к применению юс в медицине как лекарственно-технического сырья. В ограниченном количестве их использовали при производстве алкогольных напитков, например джина — крепкой водки. Между тем ягоды можжевельника можно широко использовать при производстве многих видов пищевых и вкусовых продуктов — можжевелового сахара и других сахаристых веществ, кондитерских изделий, вин и пр.
Отдельные части различных видов можжевельника находят применение в эфиромасличной промышленности для получения эфирного масла, содержащегося во всех вегетативных органах растения. Ягоды, хвоя и молодые ветви содержат наивысшее количество эфирных масел. Эфирные масла из можжевельника получают путем перегонки с паром. Они представляют собой прозрачную, почти бесцветную или слегка желтоватую ароматичную жидкость с характерным пряно-жгучим вкусом. Удельный вес эфирного масла (бесцветного) 0,840—0,860 и желтоватого 0,850—0,900. Выход масла из плодов крымского можжевельника составляет 0,8—1,2%, из плодов северных районов 0,5—0,8%, из хвои крымского можжевельника 0,35—0,9%.
Масло необходимо сохранять без доступа света и воздуха (в темноте в полностью заполненной таре), так как при доступе воздуха и света оно изменяет окраску, становится более темным и густеет.