При цветении водоемов вода приобретает неприятные привкусы и запахи вследствие выделения компонентами цветения специфических ароматических веществ.
При этом разные водоросли придают воде свои особые специфические запахи и привкусы. Так, при цветении, вызываемым Aphanizomenon, Anabaena, Microcystis, вода имеет травянистый болотный запах, цветение Asterionella, Volvox, Dinobryon придает воде запах рыбьего жира, Synura – запах свежих огурцов, a Microcystis – запах гороха. В литературе приводятся списки ароматических организмов с указанием свойственного каждому из них запаха. Среди организмов, придающих воде рыбный запах, фигурируют Dinobryon, Uroglenopsis, Synura, Peridinium, Mallomonas, Asterionella.
Появление неприятного запаха воды Исаченко связывает с наличием в водоемах актиномицетов, особенно обильных в илах на дне, где они покрывают растительные остатки и растительный детрит, служащие им источником питания. Осенью с опусканием на дно отмершего планктона увеличивается число актиномицетов, питающихся за его счет. Образуемые при этом продукты разложения фитопланктона придают воде запах, характер или оттенок которого в какой-то степени зависит от преобладания определенных водорослей. Зависимость между появлением запахов в воде и ролью в этом различных групп микроорганизмов ясна и не возбуждает сомнений. Как показали исследования р. Северский Донец, актиномицеты могут придавать воде самые разные запахи: затхлый, землистый, мышиный, рыбный, лекарственный. В фильтрах Лондонского водопровода на оседающих здесь планктических водорослях развиваются актиномицеты, которые придают воде землистый и затхлый запах. В воде Московского водопровода тоже появляется сильный землистый запах из-за развития актиномицетов.
Интенсивность и характер запаха зависят от концентрации в воде водорослей; так, в зависимости от плотности Asterionella вода имеет то землистый, то рыбный запах, то запах герани. Характер запаха также меняется при отмирании организма. Отмирающая Synura придает воде запах испорченного рыбьего жира, синезеленые при гибели сообщают воде затхлый гнилостный запах; иногда вода в результате цветения и отмирания приобретает настолько неприятный привкус и запах, что становится негодной для питья. В конце мая 1956 г. в водохранилище Седлице наблюдалось массовое развитие нескольких видов Chlamydomonas, которые при отмирании и разложении выделяли крайне резкий запах тухлых яиц и разлагающегося сена и придавали воде весьма неприятный привкус.
К ароматическим организмам, развивающимся в канале Северский Донец – Донбасс, относится диатомовая Stephanodiscus hantzschii, которая способна сообщать воде рыбный запах, причем ароматичность St. hantzschii зависит от целого комплекса факторов, в частности, она возрастает с увеличением содержания азота в питательной среде. Точно так же исследование культуры Melosira varians показало усиление рыбного запаха при повышении содержания азота и увеличении уровня освещенности.
Химический вред планктона заключается также в том, что при массовом развитии и отмирании водорослей имеют место заморы рыб. К настоящему времени накоплены многочисленные данные о гибели рыб при цветении воды. При разложении масс водорослей, главным образом синезеленых, чрезвычайно значительно снижается количество растворенного в воде кислорода, иногда падающего до нуля, так что это само по себе неблагоприятно отражается на рыбном населении водоема. С другой стороны, при процессах гниения водная толща обогащается вредными для животных продуктами органического распада, в частности сероводородом, аммиаком и углекислотой, содержание которых повышается. При известных условиях вызываемое этими причинами вредное влияние может повести почти к полной гибели рыбы данного водоема. Причиной гибели рыб может быть отравление продуктами распада белков при гниении синезеленых.
В водохранилищах имеют место также явления отравления ядовитыми веществами – токсинами, выделяемыми некоторыми видами водорослей в процессе их метаболизма или в результате их распада. Имеются данные о выделении ими ферментов. Живущие в водоеме, насыщенном метаболитами и продуктами распада водорослей, рыбы способны адсорбировать их и аккумулировать в органах и тканях. В результате рыба становится токсичной, ядовитой не только для людей и животных, но заболевает и гибнет сама. В литературе описано много случаев гибели рыб и домашних животных от отравления выделяемыми водорослями токсическими веществами, непосредственно или через зараженных ими рыб.