В зависимости от способа образования различают первичные, вторичные и третичные яйцевые оболочки.
Первичными называют оболочки, продуцируемые самими яйцеклетками; вторичными — оболочки, которые формируются благодаря активности фолликулярных клеток яичника; третичными — структуры, которые образуются при участии желез половых протоков самки.
Примером первичной оболочки может служить желточная оболочка, которая располагается непосредственно на поверхности ооцита и является по своей сути надмембранным комплексом клетки. Желточная оболочка полихеты Nereis virens имеет сложную структуру. Она построена из фибриллярного материала гликопротеиновой природы и характеризуется эластичностью и способностью к растяжению. Наружный отдел желточной оболочки богат полисахаридами.
Оболочка пронизана каналами, через которые проходят микроворсинки ооцита. У рыб первичную оболочку называют лучистой оболочкой, или zona radiata. Иногда желточная оболочка имеет более сложный генезис. Например, у земноводных, птиц и млекопитающих в образовании желточной оболочки участвуют и ооцит и клетки фолликулярного эпителия. У млекопитающих эта сложная оболочка носит название оолемма, или блестящий слой — zona pellucida.
Вторичные оболочки хорошо развиты у наземных и пресноводных животных, хотя имеются и у животных, ведущих морской образ жизни, таких как головоногие моллюски. К вторичному типу оболочек относится, например хорион мечехвостов, паукообразных, ракообразных и насекомых. Хорион представляет собой плотную, эластичную или жесткую оболочку, которая в этом случае напоминает скорлупу. Белок хориона — хорионин — по химическому составу близок роговому веществу. Как правило, хорион — многослойное образование, и подразделяется на относительно тонкий внутренний отдел — эндохорион, и толстый внешний экзохорион. Например, хорион палочника Bacillus libanicus состоит из эндохориона, толщиной около 7 мкм, и семислойного экзохориона, достигающего в толщину 50 мкм. Для проникновения сперматозоида в хорионе имеется канал, открывающийся наружу отверстием — микропиле.
Третичные оболочки яйца формируются обычно у животных с внутренним осеменением. Их образование происходит в половых протоках самки после овуляции и оплодотворения. К третичным оболочкам относятся, например белковые, пленчатые подскорлуповые и известковая оболочки яйца птиц.