Кроме разобранных примеров сохранения инфекции вне питающего растения в форме различных покоящихся спор, многие возбудители инфекционных болезней способны сохраняться и перезимовывать внутри живого растения-хозяина.
Такой способ присущ вирусным болезням растений, возбудители которых в природных условиях сохраняются главным образом в тканях растений или в организме насекомых, например вирус, заражающий картофель. В семенах и клубнях сохраняются многие возбудители бактериозов, например возбудитель кольцевой гнили картофельных клубней — Corynebacterium sepedonicum Skapt.; et Burkh.
Сохранение инфекции внутри растения-хозяина имеет широкое распространение и у грибных паразитов. Зимующим органом у них является жизнеспособный мицелий, сохраняющийся на однолетних зимующих растениях, а также в клубнях, почках и луковицах.
Мицелий таких облигатных паразитов, как ржавчинных и мучнисторосяных грибов, может зимовать только в живых тканях растений, на озимых посевах. Например, возбудитель желтой ржавчины пшеницы — Puccinia glumarum Eriks, et Henn. может зимовать в форме двуядерного мицелия внутри морозостойких листьев озимых хлебов или дикорастущих злаков. Весной после схода снега этот мицелий на зеленых перезимовавших листьях тотчас образует уредоспоры, которые распространяются и вызывают болезнь. Сохранение мицелия внутри тканей стебля, корня, клубня, почки и других зимующих органов растения установлено для многих пероноспоровых, головневых и несовершенных грибов.
Перезимовка на озимых посевах в форме мицелия свойственна некоторым возбудителям мучнистой росы хлебных злаков. Для возбудителя мучнистой росы пшеницы — Erysiphe graminis f. tritici доказано (М. В. Горленко), что его зимовка в средней и южной части СССР происходит не в виде сумчатой стадии, а в виде бурых плотных подушечек мицелия на нижних листьях озимой пшеницы. Яровые пшеницы заражаются мучнистой росой от гриба, перезимовавшего в виде мицелия на озимых пшеницах.
Очень часто мицелий сохраняется и в семенах, что наблюдается у возбудителя пыльной головни пшеницы — Ustilago tritici Jens., ячменя — Ustilago nuda Kell, et Sw., а также у головни овса — Ustilago a venae Jens.
Приведенные примеры свидетельствуют о том, что характерным признаком этого способа является сохранение инфекции внутри растений, а местом зимовки вегетативного мицелия, бактерий и вирусов служат зимующие органы самого растения (стебель, листья, корень, клубни, почки, корневища и т. д.).