Среди возбудителей, ведущих эндопаразитический образ жизни, наблюдается еще более узкая топографическая специализация: по еще неизвестным нам причинам некоторые из этих возбудителей заселяют внутри растения-хозяина преимущественно определенные ткани или же плодоносят только в определенных тканях, т. е. обнаруживают тканевую специализацию.
Ржавчинные грибы заселяют только ассимилирующую, неодревесневшую основную ткань. Synchytrium endobioticum (возбудитель рака картофеля) и мучнеросные грибы заселяют в большинстве случаев лишь эпидермальные клетки листьев и стебля, Pseudopeziza tracheiphila Mull. Thurg. (возбудитель краснухи винограда) — только сосуды листьев, a Phytophthora cambivora Petri (возбудитель «чернильной болезни» каштана) преимущественно камбий корней и ствола. Среднеевропейские гименомицеты заселяют только древесину ствола, но никогда не поселяются в зеленой, ассимилирующей ткани, причем среди них различаются, в свою очередь, виды, приуроченные или к заболони, или к ядру. Только молодую древесину, или заболонь, разрушает Lenzites heteromorpha Fr. — возбудитель охряной гнили древесины у поваленных, но еще живых стволов хвойных деревьев, которые остаются лежать неокоренными (т. е. находятся еще «в соку»). Trametes pini заселяет, наоборот, только спелую древесину или ядро у стоящих деревьев.
Некоторые возбудители распространяются внутри растения-хозяина более или менее целеустремленно в направлении восприимчивых к ним тканей, в которых они затем и поселяются. Pseudopeziza tracheiphila, например, заражает эпидермальные клетки листьев, после чего молодые гифы гриба сравнительно коротким путем добираются до сосудов, локализуются в них и, подобно тому как это бывает при очаговом заражении, повреждают своими токсинами палисадную и губчатую паренхиму (покраснение клеточных стенок, распад хлоропластов и т. д.), вызывая ее преждевременное отмирание.
От этой высокой ступени тканевой специализации всего лишь один шаг до специализации к определенным органам и органотропии.