Велика роль лишайников как пионеров растительности.
Они заселяют субстраты, непригодные для растений, грибов и водорослей. Гифы грибов проникают между трещинками пород, выделяемые ими «лишайниковые кислоты» способствуют «растворению» субстрата. Поселяясь, например, на камнях или даже внутри горных пород, на застывших лавовых потоках после извержения вулканов, они дают начало почвообразовательному процессу.
Лишайники способствуют повышению плодородия почвы. Те лишайники, у которых фотобионтом являются цианобактерии, обогащают почву азотом.
Лишайники отрицательно влияют на развитие микроорганизмов и микоризообразование, снижают прорастание семян растений, спор мхов.