Для выделения чистых линий с высокой комбинационной способностью и желаемым фенотипом следует применять жесткий отбор.
При этом нежелательные линии следует выбраковывать на ранних стадиях инбридинга. Для следующего поколения инбридинга каждый год отбирают самые высококачественные початки с наиболее подходящих растений. Растения можно отбирать на основании желательных признаков, таких, как мощность, урожайность, неполегаемость, время созревания, низкое расположение початков, темно-зеленая окраска листьев, хорошие метелки, качество зерна, а также устойчивость к болезням, насекомым, отсутствие бесплодных растений, отсутствие сломанных стеблей, отсутствие аномалий и т. д. Обычно отбор наиболее эффективен для признаков, обладающих высокой наследуемостью, легко распознаваемых и не маскируемых влиянием окружающих условий. Отбор наследственно высокоурожайных линий должен преимущественно основываться на свойствах их гибридов.
Эксперименты показали, что для выделения хороших инбредных линий требуется выведение и испытание большого числа растений. Так как большая часть получаемых в результате процесса самоопыления инбредных линий представлена средними или посредственными растениями, для выявления редких хороших линий необходимо проверять по потомству большое число линий.
Эффективность отбора в поколениях F1, F2, F3 и F4 20 отобранных инбредных семей в анализирующих скрещиваниях оценивали Эль-Лакани и Расселл. Десять линий были высокоурожайными, а десять — низкоурожайными, что было показано в анализирующих скрещиваниях поколений F5 и F6. В высокоурожайных семьях F2 было таким же или лучше, чем F1. Девять семей были улучшены отбором в F3 или F4 или в обоих поколениях. Урожайность F2 в пяти низкоурожайных семьях была ниже, чем F1, и вклада отбора оказалось недостаточно, чтобы урожайность F4 достигла урожайности F1. В остальных пяти низкоурожайных семьях урожайность F2 была по крайней мере равна урожайности F1, но дальнейшей прибавки ее в результате отбора не было получено. Авторы пришли к заключению, что урожайность гибридов от анализирующих скрещиваний в F4 определяется двумя путями: уровнем урожайности отобранных в первом поколении генотипов и степенью расщепления в последующих поколениях, допускающей отбор более подходящих генотипов. Урожайность растений F2 не показывает, какая прибавка в результате отбора будет возможна в последующих поколениях.