Протеиназы в муке, смолотой из здоровой пшеницы или внесенные в тесто при добавлении муки из осоложенной пшеницы, по-видимому, не оказывают влияние на качество выпеченных изделий. Хотя добавки протеазы в виде муки из осоложенной пшеницы могут улучшать качество чрезмерно крепкого теста, липкость образцов теста, содержащих большие количества муки из осоложенной пшеницы, объясняется в основном избыточной активностью альфа-амилазы.
В последние годы в практику вошло добавление в тесто грибных протеаз. При использовании с образцами сильной муки они способствуют созреванию, сокращению времени замеса и увеличению растяжимости теста. Соль весьма эффективно подавляет протеолитическую активность в тесте; влияние соли объясняется, по-видимому, скорее понижением чувствительности клейковины (как субстрата), чем ингибированием самого фермента.
Пшеница, поврежденная некоторыми насекомыми или плесенями может давать муку с избыточной протеолитической активностью. Клоп-черепашка, в частности, повреждает зерно поспевающей пшеницы, вводя в него протеолитические ферменты, которые сильно ухудшают хлебопекарные свойства полученной из такого зерна муки. Мука, смолотая из поврежденного клопом-черепашкой зерна, или вовсе не образует клейковину, или дает ничтожное ее количество. Снижение хлебопекарных качеств, аналогичное тому, которое вызывается большим количеством протеазы, отмечалось также в случае с мукой, смолотой из зерна, хранившегося в условиях, благоприятных для роста плесени.